80年代後期，由於臺(tái)灣當(dāng)局拒絕兩岸“三通”，奉行單向的開放政策，限制大陸民眾與臺(tái)灣的正常交往，在沿海地區(qū)出現(xiàn)了大陸居民私渡去臺(tái)的現(xiàn)象。臺(tái)灣軍警對(duì)大陸私渡入臺(tái)人員採(cǎi)取不人道的強(qiáng)制“並船遣返”的做法，致使臺(tái)灣海峽連續(xù)發(fā)生數(shù)起大陸同胞在遣返過程中遭受人身傷亡的事件。1990年7、8月間，發(fā)生了因“並船遣返”導(dǎo)致25人被集體釘在船倉(cāng)內(nèi)窒息死亡，以及21人因遣返船被臺(tái)軍艦撞擊落水身亡等兩起慘劇，臺(tái)灣軍警的殘暴行徑遭到兩岸人民的一致譴責(zé)。

　　1990年8月，為避免再次出現(xiàn)死傷悲劇，切實(shí)解決私渡人員的遣返問題，中國(guó)紅十字總會(huì)向臺(tái)灣紅十字組織建議，雙方簽定遣返作業(yè)協(xié)議，將私渡人員遣返納入規(guī)範(fàn)程式，使遣返作業(yè)在兩岸紅十字會(huì)組織的見證下進(jìn)行。背受強(qiáng)大輿論壓力的臺(tái)灣當(dāng)局，對(duì)於中國(guó)紅十字總會(huì)的建議很快作出了積極的回應(yīng)。考慮到簽署協(xié)議需要實(shí)地考察遣返路線，同時(shí)也為了照顧臺(tái)灣方面希望保密的要求，雙方?jīng)Q定協(xié)商地點(diǎn)定在當(dāng)時(shí)尚未解除“戒嚴(yán)”、仍是國(guó)民黨“戰(zhàn)地”的金門島。

　　1990年9月11日上午，中國(guó)紅十字總會(huì)秘書長(zhǎng)韓長(zhǎng)林等4人乘坐一艘懸掛白底紅十字旗的鐵殼船，從廈門東渡碼頭出發(fā)，徑直朝金門方向航行。在下榻的“仁愛新莊”，韓長(zhǎng)林等與臺(tái)灣紅十字組織秘書長(zhǎng)陳長(zhǎng)文等就兩岸紅十字組織參與見證主管部門執(zhí)行海上遣返事宜進(jìn)行了協(xié)商，並於12日簽署了協(xié)議。雙方本著切實(shí)解決問題、回避目前尚難以解決的兩岸政治分歧的務(wù)實(shí)精神，就見證遣返的原則、對(duì)象和遣返程式等方面作了明確的規(guī)定。

　　“金門協(xié)議”雖然是以兩岸紅十字組織的名義簽署的協(xié)議，但卻得到兩岸官方的認(rèn)可和授權(quán)。1990年10月8日，雙方根據(jù)“金門協(xié)議”第一次順利進(jìn)行了海上遣返工作，首批55名私自渡海去臺(tái)的大陸居民從馬祖回到了福州馬尾港。此後，共有120多批近2萬(wàn)名違反有關(guān)規(guī)定進(jìn)入對(duì)方地區(qū)的兩岸居民和刑事嫌疑犯、刑事犯循“金門協(xié)議”的模式完成遣返。

　　“金門協(xié)議”的簽署，不僅保證了兩岸遣返作業(yè)的順利進(jìn)行和兩岸同胞的生命安全，也為其後兩岸的授權(quán)民間機(jī)構(gòu)的商談打下了良好的基礎(chǔ)。

　　隨著兩岸經(jīng)貿(mào)交流的迅速發(fā)展，人員往來以及各項(xiàng)交流活動(dòng)的不斷擴(kuò)大，逐漸衍生出了一些有關(guān)兩岸人民權(quán)益的棘手問題，有感於有共同解決事務(wù)性、功能性問題的迫切需要，兩岸于1993年4月舉行了的“汪辜會(huì)談”，並簽訂了四項(xiàng)協(xié)議，邁出了兩岸關(guān)係上具有歷史意義的重要一步。