根據(jù)《協(xié)議》，兩岸同意在民事、刑事領(lǐng)域開展協(xié)助，採取措施共同打擊雙方均認(rèn)為涉嫌犯罪的行為，重點(diǎn)打擊涉及綁架、槍械、毒品、人口販運(yùn)及跨境有組織犯罪等重大犯罪，以及侵佔(zhàn)、背信、詐騙、洗錢、偽造或變造貨幣及有價(jià)證券等經(jīng)濟(jì)犯罪。相互協(xié)助送達(dá)司法文書、調(diào)查取證、罪贓移交，認(rèn)可及執(zhí)行民事裁判與仲裁裁決，移管被判刑人。
清華大學(xué)法學(xué)院院長王振民表示，《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協(xié)議》是兩岸司法主管部門之間第一份綜合性合作協(xié)議。其主要內(nèi)容涵蓋了民商法與刑法的全部司法過程。他説：“《協(xié)議》的簽署是兩岸互信與共識積累到一定程度的結(jié)果，將對雙方在經(jīng)濟(jì)、民事等各領(lǐng)域的交流交往起到保護(hù)、促進(jìn)和規(guī)範(fàn)作用，將為兩岸關(guān)係和平發(fā)展保駕護(hù)航。”
自1987年以來，兩岸交流交往日益頻繁，達(dá)到相當(dāng)?shù)囊?guī)模。但由於兩岸司法機(jī)關(guān)沒有建立正式合作機(jī)制，為不法分子或犯罪嫌疑人潛逃並藏匿對岸提供了機(jī)會(huì)。近年來，一些黑社會(huì)性質(zhì)的跨兩岸犯罪團(tuán)夥更利用兩岸治安防治無法對接之機(jī)，大肆實(shí)施拐賣、販毒、洗錢、走私、詐騙等極端惡劣的犯罪行為，嚴(yán)重危害了海峽兩岸同胞權(quán)益，破壞了兩岸社會(huì)和諧。
兩岸共同打擊犯罪早在開啟兩岸交流之初就已提上議事日程。1990年9月，兩岸分別授權(quán)雙方紅十字組織于金門簽署了關(guān)於遣返私渡者和刑事犯罪嫌疑人的“金門協(xié)議”。截至今年1月，根據(jù)“金門協(xié)議”，兩岸紅十字組織共同實(shí)施雙向遣返作業(yè)212批，雙向遣返38936人。其中，大陸向臺方遣返非法入境人員、刑事犯、刑事嫌疑人91批366人。
“但‘金門協(xié)議’僅僅是有關(guān)遣返問題的單項(xiàng)協(xié)議，而且兩岸在實(shí)施遣返作業(yè)時(shí)須通過民間機(jī)構(gòu)，兩岸司法部門本身並沒有建立直接聯(lián)繫。”王振民表示。此外，由於協(xié)議的內(nèi)容所限，兩岸在聯(lián)合打擊犯罪過程中取證難、執(zhí)行難、公證程式繁複、兩岸警方難以聯(lián)合行動(dòng)等問題則一直難以解決。
“《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協(xié)議》的重要的意義首先在於它的綜合性。”王振民説，這份協(xié)議明確規(guī)定了雙方主管部門廣泛而具體的合作內(nèi)容，包括共同打擊犯罪、司法文書的送達(dá)、調(diào)查取證、判決書的互相認(rèn)可、罪犯的移交等。
其次，王振民認(rèn)為，此項(xiàng)協(xié)議的簽署，使兩岸司法主管部門建立了直接、正式以及制度化的業(yè)務(wù)合作關(guān)係，意味著兩岸司法機(jī)構(gòu)更深層次合作的開始。
“儘管過去兩岸已經(jīng)在共同打擊犯罪方面積累了一定的經(jīng)驗(yàn)，但往往採取‘特事特辦’的個(gè)案解決模式，限制了雙方共同打擊犯罪的力度和辦案效率。”王振民説，協(xié)議簽署後，兩岸司法機(jī)關(guān)和警方將各自指定專人與專門機(jī)構(gòu)建立聯(lián)繫機(jī)制，實(shí)現(xiàn)司法溝通的常態(tài)化。
《協(xié)議》的簽署得到了島內(nèi)法律業(yè)者和民眾的積極評價(jià)。多年從事兩岸司法諮詢工作的島內(nèi)知名律師許文彬表示，近年來島內(nèi)民眾對貪腐、詐騙等重大經(jīng)濟(jì)犯罪行為的查辦十分關(guān)注，《協(xié)議》將兩岸共同打擊犯罪的領(lǐng)域從刑事犯罪領(lǐng)域擴(kuò)展到經(jīng)濟(jì)犯罪，符合臺灣同胞的期待。
根據(jù)臺灣當(dāng)局兩岸事務(wù)主管部門近期的民意調(diào)查顯示，有79．6％的民眾贊成兩岸協(xié)商共同打擊犯罪並簽署協(xié)議。
臺灣問題專家、北京聯(lián)合大學(xué)教授徐博東認(rèn)為，此次兩會(huì)簽署《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協(xié)議》是兩岸關(guān)係發(fā)生重大變化的標(biāo)誌之一。他認(rèn)為，這一協(xié)議就兩岸在司法領(lǐng)域的合作方式與合作內(nèi)容做了制度化規(guī)定，但並不涉及任何政治色彩，因此在任何情況下都能適用。