兩岸關係和南海問題是兩個非常複雜和敏感的戰(zhàn)略性問題。就本質而言，兩岸關係是在中國主權框架內處理的內部事務問題，南海問題則涉及中國主權與他國主權之間的多邊爭端，二者的性質不同，層次不同，有必要區(qū)別處理。所以長期以來，中國政府在面對南海問題與兩岸關係問題，都是分開處理，以分解壓力、避免不良的情形更加惡化。但近幾年來，南海問題趨向緊張，而兩岸關係趨向緩和，兩岸在南海問題上的合作出現(xiàn)新的歷史機遇。於是不少學者提出，兩岸可以在南海問題上進行合作，共同維護南海經(jīng)濟權益和主權權利。

　　兩岸在南海問題上的合作可以有很多方面內容，從共同開發(fā)南海資源到共同保護南海資源，從保護兩岸漁民安全到維護南海主權，合作的範疇相當廣泛。但是兩岸南海合作會牽涉到各種力量和因素，這讓兩岸南海合作變得非常複雜。它至少涉及三種不同性質的合作：一是兩岸在無爭議水域的經(jīng)濟合作，這純粹是兩岸之間的事務；二是兩岸在爭議地區(qū)的經(jīng)濟合作，由於涉及到其他國家，這在性質上就變成了臺灣參與國際經(jīng)濟合作的問題；三是兩岸共同維護南海主權，這在性質上就成為臺灣參加國際多邊互動的問題，其中不可避免地要涉及臺灣的政治定位。

　　為了務實處理兩岸南海議題的合作，我們需要對這三種不同性質的合作作出適度的區(qū)分，然後再來探索三種性質下的合作內容和合作路徑，如此才能興利避害。

　　一、無爭議海域的兩岸經(jīng)濟合作

　　雖然越南、菲律賓、馬來西亞、汶萊等國家針對南海的一些島礁提出主權聲索，但是在南海還有一些無爭議水域，它們不能被劃入某一“專屬經(jīng)濟區(qū)”。另外，西沙和東沙，甚至中沙一些被大陸和臺灣實際控制的水域，也可以被視為無爭議水域。兩岸在南海的這些無爭議地區(qū)的經(jīng)濟合作，因為沒有第三方參與，也不針對第三方，所以這些合作實際上是兩岸經(jīng)濟合作的外延。海峽兩岸可分步驟、分層次與分部門展開闔作。

　　1、部門合作。兩岸的農漁業(yè)、海洋、能源、旅遊等職能部門可分別展開本部門的南海合作，為兩岸南海合作提供實踐經(jīng)驗。其中關於漁業(yè)資源合作和油氣共同開發(fā)這兩項，是具有深遠意義的切入點。

　　兩岸在南海油氣開發(fā)方面有著良好的合作基礎，目前大陸中海油與臺灣“中油”公司在南海進行石油天然氣的勘探合作。特別值得注意的是，兩岸企業(yè)的聯(lián)合開採有意識地避開南海爭議海域。據(jù)臺灣媒體報道，臺灣“中油”公司曾設想過開發(fā)南海爭議海域，並以臺方控制的太平島作為兩岸合作開採南海石油的運補基地，但最後考慮到這一區(qū)域的政治敏感度太強而作罷。目前，兩岸石油企業(yè)主要是爭取在南海北部聯(lián)合開發(fā)區(qū)域獲得突破，同時擴大合作的深度和廣度。未來，兩岸石油企業(yè)可以加強技術層面合作，相互共同派專員加強技術培訓，共用最新科技成果、建立油氣資源資訊共用機制。兩岸還可以成立“兩岸南海資源合作管理委員會”，就兩岸南海資源調查研究的成果進行交流，實現(xiàn)優(yōu)勢互補。

　　兩岸漁民合作已具有良好基礎，兩岸可以將雙方合作經(jīng)驗拓展到南海的一些無爭議水域。雙方可以商定南海漁業(yè)作業(yè)期間、船隻數(shù)量、船型結構、漁獲總數(shù)及作業(yè)區(qū)域等，形成共同遵守的生産作業(yè)規(guī)範。兩岸也可以在雙方所控制的一些島嶼，如大陸所進駐的南沙美濟礁以及臺灣所控制的太平島建漁業(yè)基地，為遠航南沙捕魚作業(yè)的兩岸漁民提供方便。此外，兩岸還可考慮在太平島、西沙群島、東沙島設立漁民救助機制，利用這些島嶼在地理上分佈較為均勻的優(yōu)勢，為兩岸漁民提供及時、方便的救助。

　　2、將兩岸在南海無爭議水域的合作納入“兩會”機制。由於兩岸在南海無爭議水域的合作是兩岸經(jīng)濟合作的延伸，具有事務性、功能性的特點，所以未來若確定兩岸有關南海重大合作事宜，可考慮納入到海協(xié)會和海基會的磋商日程，進而提升兩岸合作的層次和效果。還可以推動海協(xié)會與海基會共同成立兩岸南海事務工作小組，作為一個長期性的南海合作機制。

　　3、商簽“兩岸海洋事務合作框架協(xié)議”。在兩會協(xié)商的基礎上，兩岸可以選擇適當時機簽署一個類似ECFA的“兩岸海洋事務合作框架協(xié)議”（MCFA），促使兩岸就海洋事務開展全面性的互助與合作。包括海洋資源開發(fā)、保護和研究，水下礦産、石油天然氣的探勘的合作，還有南海地區(qū)的水文資料的共同研究、氣象研究，兩岸共同進行海事救援等等。兩岸可以就此先談成架構，再陸續(xù)處理航運、資源保護、設立國家公園、聯(lián)合救援等具體方面的協(xié)議。